藏传佛教发展的历史进程中，以达玛赞普灭佛事件作为分界，藏传佛教分为前弘期和后弘期两个阶段。11世纪以来，也就是藏传佛教的后弘期，在藏区各地方势力的支持下，藏传佛教开始形成自立门户的教派，并逐渐产生了高僧法位继承的两大方式。一是家族式传承，它包括师徒传承和家族传承方式，如藏族历史上最早形成的教派宁玛派的传承，最初就是家庭世代继承，即宁玛派奠基人 “素尔祖孙三代”（三素尔）。素尔波且·释迦迥乃在后藏建立“吾巴隆”寺（今日喀则市边雄乡境内），广收众徒，传播前弘期所译密宗经典。之后是由其养子素尔穷·喜饶札巴袭养父之业，再后由素尔穷之子卓浦巴·释迦僧格传承并引领宁玛派。三素尔之后，由于宁玛派的势力日渐兴盛，寺庙也逐渐多了起来，传承就以师徒相传为主。 与此同时，后藏的昆·贡确杰布建立萨迦寺，他的儿子昆·贡嘎宁布作为“萨迦五祖”中的初祖，二祖索南孜摩、三祖扎巴坚赞，都是贡嘎宁布的儿子，四祖萨迦班智达·贡噶坚赞是扎巴坚赞的侄子，五祖八思巴·洛追坚赞则是萨迦班智达的侄子，也都是采用以昆氏家族为基础的家族内部传承方式；二是非家族式传承，也就是公元13世纪，由达布噶举派“四大八小”之“四大”之一噶玛噶举派黑帽系首创的活佛转世制度，16世纪中叶为后期兴起的格鲁派采用，并形成较完备的形式， 17世纪中叶以后就成为藏传佛教各教派普遍采用的主要传承方式。

　　总括来说，活佛转世是藏传佛教为解决教派和寺院首领传承问题，依据西藏古老的灵魂观念和佛教特有的化身理论，而创立的一种有别于其他宗教和佛教其他流派的传承制度，强化和巩固这一制度的基础就是旧西藏政教合一制度。

　　一、活佛转世制度的形成与发展

　　“活佛”一词最早出现于元代，藏语称“朱古”，是“朱贝古”的缩语，意为“幻化”或“化身”。公元13世纪中期，元宪宗蒙哥册封藏传佛教噶玛噶举派首领噶玛拔希为国师，并赐金边黑帽和金印，噶玛噶举派成为当时影响很大、实力雄厚的教派。公元1283年，噶玛拔希圆寂。噶玛噶举派按教规不能婚娶、依靠嫡亲来继承教权，同时也为了避免师徒传承容易造成自立门户、分散力量的弊端，所以采用化身转世的方式，来解决本教派宗教权力的传承和延续问题。1284年，出生于后藏贡唐地方的一个幼童，5年过后被确认为噶玛拔希的转世灵童，后来迎请至楚布寺，取名为噶玛巴·让迥多吉。这是藏传佛教史上第一次确认一个幼童为前辈僧人的转世，开创了活佛转世的先河。此后，藏传佛教各教派纷起仿效，相继建立起大大小小数以千计的活佛转世系统。在几百年的转世实践中，形成了较为完备的寻访认定转世灵童的工作规范和运作程序。其中就宗教而言，活佛圆寂后，有凭吊致祭，供奉法体；诵经祷告，祈求降生；打卦问卜，朝观神湖；国内寻访，反复核查；辨认遗物，检验灵童；剃度入寺，授予法名；正式坐床，系统转世等固定的仪轨和制度。历史上，由于活佛一般属于寺院的中上层，有些还是教派领袖，他们对西藏地方的政治和宗教生活起着重要作用，是中央政府对西藏行使有效管理的重要力量，所以历代中央政府高度重视对活佛转世的管理。

　　活佛转世方式出现并逐步成为一种制度可以说是藏传佛教的一个创举。在这里，活佛的传承既不是通过家族式的继承，也不是通过现代意义上的选举，而是通过“转世”这一宗教化的手段完成的。这种传承方式把佛教的基本教义、仪轨和藏族宗教上层错综复杂的政治因素、宗教因素协调起来，巧妙地解决了宗教首领的地位和政治、经济权力的传承和延续问题。因此，活佛转世从一开始出现，就和政治有着不解之缘。公元13世纪，西藏成为元朝中央政府直接管辖下的一个行政区域，忽必烈封萨迦派教主八思巴为“西天佛子，化身佛陀”，并任命他为帝师，掌管全国佛教事务。明代根据西藏地方教派林立的特点，实行“多封众建，因俗以治”，如藏传佛教著名的“三大法王”——大宝法王、大乘法王、大慈法王，就是明朝给西藏噶举派、萨迦派和格鲁派领袖的封号，可以说，从元朝以来，藏传佛教各教派的大小活佛以把皇帝赏赐的名号为自豪，并以此为荣巩固和扩大自己的势力。

　　清朝取得全国政权后，采取了扶持格鲁派来加强对西藏统治的政策。在实施过程中，极大地加强了对活佛及其转世事务的管理，并使之规范化、制度化。1653年，顺治皇帝册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，赐金册金印。1713年，康熙皇帝册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，赐金册金印，清朝中央政府正式确认了达赖活佛系统和班禅活佛系统的名号及其地位。由于中央政府的支持，格鲁派大活佛拥有西藏政教大权，因此，特权阶层争夺其转世灵童寻访认定大权的斗争不断发生，贿赂、结党营私、弄虚作假等现象愈演愈烈，一度造成大活佛亲族姻娅、递相传袭、总出一家的结果，也严重影响了社会的稳定。为此，清朝中央政府决定直接掌握大活佛转世灵童的寻访、认定权，以加强管理西藏地方，安定西南边疆。